La distillerie Junod est fondée à Pontarlier (Doubs) en 1838 par Henri-Auguste Junod, autorisé par arrêté préfectoral du 27 septembre 1842 à établir une distillerie d’absinthe au faubourg Saint-Pierre. L’entreprise s’agrandit rapidement : en 1848 elle s’installe au début de la route de Besançon, et compte bientôt six alambics.
Arthur Junod succède à son père en 1870 et industrialise l’affaire ; en 1897, la maison fait paraître ses annonces dans la presse professionnelle sous le nom « Absinthe Junod, à Pontarlier », et un bulletin de la Chambre de commerce de Paris cite la même année « Junod (Arthur), distillerie d’absinthe ». Entre 1881 et 1884 est construit un nouvel atelier de distillation, complété au milieu des années 1890 par de vastes entrepôts.
Auguste Junod, petit-fils du fondateur, reprend l’entreprise en 1907. En 1908 la distillerie compte seize alambics pour une capacité de production de 5000 litres, et produit environ 10 000 hectolitres d’extrait d’absinthe par an, employant huit ouvriers et quatre employés de bureau. La société Junod survit à l’interdiction de fabrication de l’absinthe de 1915 et crée un apéritif anisé en 1922, commercialisé sous le nom « Un Junod ». Un annuaire du commerce de 1926 recense un dépôt parisien de « Un Junod, Anis » à Saint-Mandé (Seine).
Auguste Junod meurt en 1927 ; en 1932, le Journal officiel mentionne encore un comptable exerçant « à la distillerie veuve A. Junod, à Pontarlier ». La société disparaît cependant peu après son changement d’activité : dès 1926, une succursale de la société Hémard et Pernod Fils Réunis (Montreuil-sous-Bois) s’installe dans une partie des locaux désaffectés, avant de fermer au début des années 1930.
Le bâtiment de la distillerie, dont la façade porte la date de 1881, subsiste à Pontarlier ; converti en logements, commerces et bureaux à la fin du XXe siècle, il est aujourd’hui documenté par l’inventaire du patrimoine de Bourgogne-Franche-Comté.
